吴元溟，字澄甫，明·万历崇祯年间歙县岩镇人，生卒年月不详。

吴元溟的父亲名吴意，系古歙名医，学医于芜湖丁氏。元溟自幼对医学耳濡目染。二十岁时，其母得病，元溟每日服待母亲于床前。母病重时告诉其父曰：元溟可学医，希望能将吴家医术传授于他。其父慨然应允。于是每日耳提口授，元溟亦详求博考，究脉探源，兢兢业业于救人之道。

吴父习医重视临床实践，要求元溟在实践中提高医术，此对元溟影响很大。明万历丁亥冬(1587年)，时行出痘，几遍乡邑，元溟父亲每日要诊治数十病儿，他命元溟随往诊视，在实践中提高他对痘疹诊治技艺。在父亲正确的指教下，元溟刻苦努力，终于成为新安著名的儿科专家。

元溟认为小儿犹如春草初萌之嫩芽，极其脆弱，最难调护，诊治小儿疾患故强调小心谨慎，用药不可孟浪。对小儿病因病证，他以为：夫婴儿之在襁褓时，虽无七情六欲之扰，而有阴阳虚实之乘。其症若痘疹变蒸，脐风摄口，天吊内吊，重舌木舌，解颅疔疮等，此原因胎毒之所致。若吐泻惊疳，肺风抽搐，疟痢伤风，伤寒伤食，发热等，此因外失调护之所致。吴氏针对儿科这些病因病机特点，要求治法宜详且慎，要以按候审气，据理察源，一一不谬，然后针对病症，投以恰当方药施治。对于经验方剂，他强调辨证择用，不能无视表里虚实寒热之异而概用不问，应据小儿性情体气，感受邪气经络，化裁变通而用。

吴氏曾任光禄寺署丞，由徽歙迁居浙江钱塘。在万历年间，浙江流行大疫，其与父亲救治患者数十百人。晚年将其父儿科诊治经验，掺合自己日历已验之见，撰成《痘科切要》一卷，刊于明崇祯丁丑年(1637年)，《儿科方要》一卷，刊于明崇祯戊寅年(1638年)。

吴元溟品德高尚，生母亡故后，父亲续弦，元溟敬孝继母，为人称赞。弟弟去世后，弟媳寡居，无所依靠，元溟接至家中生活，终身无闲言碎语。友人程生，负债千金，无力偿还，元溟知晓而慷慨解囊。明崇祯庚辰年(1640年)，饥荒甚重，元溟曾出巨资，购入稻米五百斛之多，全部捐助亲朋好友度过荒年。此事在《杭州府志》上有记载。据传元溟寿至82岁而卒，有子孙共80余人。